El Gabinete de Estudios Zooarqueológicos es un espacio donde se desarrollan líneas de investigación que buscan resolver preguntas arqueológicas a partir de restos faunísticos. Cuenta con una colección osteológica conformada por 80 especímenes que en su mayoría son mamíferos -domésticos y silvestres de distintos tamaños-, aves, peces, anfibios y serpientes. También alberga 22 colecciones zooarqueológicas provenientes de diferentes proyectos de investigación.