Durante cuatro décadas, esta estación fue testigo de la afluencia de pasajeros y el intercambio de mercaderías en la Ciudad de Mendoza. Ubicada en las actuales calles Belgrano y Sargento Cabral a unos 1200 metros de la estación del F.C.Pacífico. Originalmente, se construyó para el Trasandino, para los servicios de carga y pasajeros que llegaban de Buenos Aires con destino a Chile. Los pasajeros debían realizar el trasbordo de una estación a otra, lo cual estimuló la circulación de trenes, cargas y personas muy cerca del centro de Mendoza.
Pero a partir del 1° de enero de 1901 y hasta la clausura del servicio internacional, en 1979, los trenes de pasajeros del Trasandino partían directamente desde la estación de Belgrano y Las Heras, quedando la Estación Mendoza reservada para el despacho de cargas. La entrada para acceder a los vagones se efectuaba por el mismo portón que hoy utiliza el Cuerpo de Bomberos de la Policía de Mendoza. En la planchada del galpón allí existente se efectuaba el intercambio de cargas con los vagones del BAP a los del Trasandino y viceversa.
La situación se prolongó hasta 1934, cuando un aluvión en alta montaña dejó fuera de servicio cerca de 200 km del Trasandino, con estaciones destruidas y sin mayores posibilidades de reparación en el mediano plazo. La más afectada fue la original estación Mendoza, puesto que a partir de entonces fue perdiendo importancia en términos de volumen de despachos. Después de ocho años fuera de servicio, la estación volvió a la actividad el 15 de noviembre de 1942, con los trenes de pasajeros de Mendoza a Potrerillos. Un año después, en 1943 se reanudaron también los servicios de cargas cuando dos de los anteriores trenes de pasajeros se transformaron en mixtos. Pero el 1 de noviembre de 1944, la estación quedó definitivamente en desuso. Los trenes internacionales de pasajeros comenzaron a salir de la estación del F.C. Pacífico.
La actividad ferroviaria se desplazó hacia otros puntos y debió adaptarse a las nuevas condiciones. Porque así como en la primera etapa el Trasandino había funcionado en estrecha relación con el F.C.Pacífico, a partir de su nacionalización se vinculó con Ferrocarriles del Estado, fundamentalmente con la línea que llegaba desde Pie de Palo hasta Guaymallén.
Sus instalaciones administrativas fueron refuncionalizadas para dar lugar al Archivo General de la Provincia, desde 2002, organismo que depende de la Secretaría de Cultura del Gobierno de Mendoza. En 2009 se refuncionalizó el antiguo edificio y se construyó un nuevo depósito de documentos se habilitó una plaza pública y jardines.
